La distintiva decoración amarilla y negra de U.S. Inter-coloring se basaba en los colores corporativos de Yamaha International Corporation, predecesora de Yamaha Motor Corporation USA, fundada en 1977. Éstos eran los colores de la YZR500 de Kenny Roberts, que ganó tres Campeonatos Mundiales de 500cc consecutivos, entre 1978 y 1980. Estos colores y gráficos han sido muy populares entre los fans durante muchos años y conforman una parte importante de la historia de Yamaha. El equipo Gauloises Yamaha eligió esta decoración tan simbólica para su moto conmemorativa, con la que se celebraba el 50 aniversario del nacimiento de Yamaha Motor. Los pilotos de Gauloises, Valentino Rossi y Colin Edwards, condujeron este modelo especial en la octava carrera del Campeonato Mundial de 2005. Edwards llegó en segunda posición y Rossi en tercera, en una carrera que puso al público en pie. Rossi ganó el campeonato ese mismo año, y sus puntos sumados a los de Edwards dieron a Yamaha el título de constructores. La 2005 YZR-M1 experimentó modificaciones tan drásticas que puede considerarse un modelo completamente nuevo. El motor de 4 tiempos con 4 cilindros en línea y 990cc alcanzaba una velocidad máxima mayor y gastaba menos combustible. La configuración del depósito de combustible y los amortiguadores traseros, directamente conectados al cárter, permitían que todo el peso se concentrara en la parte central. Así se mejoraban notablemente la estabilidad y conducción de la moto. Más adelante se incorporaron otros cambios que aumentaron la capacidad de amortiguación del chasis y se mejoraron los sistemas de freno y de control del torque.