El año 2004 fue un año de éxitos para Yamaha, que había fichado al increíble Valentino Rossi y ganado sus primeros títulos de piloto y de constructores del Mundial de Motociclismo desde 1992. Todo el equipo estaba dispuesto a luchar por hacerlo incluso mejor en 2005, año en que se celebraba el 50 aniversario de la fundación de Yamaha Motor, y se puso el objetivo de ganar los tres títulos. Al inicio de su cuarto año en MotoGP, la YZR-M1 2005 había experimentado modificaciones tan drásticas que podía considerarse un modelo completamente nuevo. El motor de 4 tiempos con 4 cilindros en línea y 990cc alcanzaba más velocidad y consumía menos carburante. El depósito de combustible y los amortiguadores traseros estaban directamente montados sobre el cárter, de manera que el peso quedaba concentrado en la parte central de la moto y así se subrayaba la estabilidad y la maniobrabilidad. Gracias a otros cambios también se potenció la capacidad de absorción de golpes de los amortiguadores y se mejoraron los sistemas de frenado y de control de torque. Además del diseño amarillo y negro de la moto del GP de EEUU, se eligieron los colores tradicionales de Yamaha para decorar la moto que participaba en la carrera final de la temporada 2005 en Valencia, España. Era un llamativo diseño que combinaba el blanco y el rojo. Estos colores se habían utilizado por primera vez en los años 1970 y la línea de puntos rojos se llamaba "chain-block pattern". A partir de la década de los 70 empezó a conocerse como "block pattern", más adelante "strobe line", y se convirtió en el símbolo del poder de Yamaha en el motociclismo internacional. La nueva 2005 YZR-M1 ayudó a Yamaha a hacerse con los títulos de equipo, de piloto y de constructores en una temporada digna de recordar.